In der Abschlussstufe (Klasse 10-12) werden folgende Fachbereiche unterrichtet:
Im Kompetenzbereich personale Bildung sollen Schülerinnen und Schüler Kompetenzen erwerben, die es ihnen ermöglichen, ein zunehmend selbst bestimmtes Leben zu führen.
Im Kompetenzbereich gesellschaftliche Bildung sollen Schülerinnen und Schüler Kompetenzen erwerben, die sie zunehmend dazu befähigen, ihr gesellschaftliches Umfeld wahrzunehmen, zu verstehen und mitzugestalten.
Im Kompetenzbereich vorberufliche Bildung sollen Schülerinnen und Schüler Kompetenzen erwerben, die sie zunehmend dazu befähigen, am Arbeits- und Berufsleben teilhaben zu können.
Der Unterricht im Sekundarbereich II thematisiert persönliche, soziale, ökonomische, ökologische, politische, religiöse und ethische Inhalte und Fragestellungen.
In den Schuljahrgängen 1-9 liegt der Hauptschwerpunkt auf der schulischen Bildung. In den Schuljahrgängen 10-12verschiebt sich der Schwerpunkt auf die vorberufliche Bildung. Dies hat zum Ziel, die Schüler/innen bestmöglich auf den Übergang zwischen Schule und Berufsleben vorzubereiten. An der Elisabethschule Friesoythe wurden zum Zwecke einer praxisnahen Ausbildung zum Schuljahr 2016/2017 zwei Schülerfirmen ins Leben gerufen. In naher Zukunft wird der Bereich der Schülerfirmen ausgebaut und erweitert.